北京中科白癜风医院价格 http://pf.39.net/bdfyy/bdflx/index.html举国上下抗“疫”不断，科研脚步不停歇。随着国内疫情已基本得到控制，艾吉泰康内部也传来“战疫”中的硬核好消息，客户文章《GenomicandTranscriptomicCharacterizationofSporadicMedullaryThyroidCarcinoma》在线发表。该研究利用全外显子组测序、转录组测序等检测技术，探索散发性甲状腺髓样癌发生的分子机制。艾吉泰康AIExomeV1CNV版全外显子组测序助力该项研究。
下面随小编一起了解一下这篇文章：
散发性甲状腺髓样癌的基因组和转录组学特征研究
发表杂志：《Thyroid》
影响因子：7.
发表日期：.5
一
研究背景
甲状腺髓样癌（MTC）是一种相对罕见的神经内分泌恶性肿瘤，由产生降钙素的滤泡旁细胞引起。MTC占甲状腺恶性肿瘤的3-5%，但导致了13%的甲状腺癌死亡病例。大约75％-80％的MTC以散发性肿瘤（sMTC）的形式出现，其余以遗传形式出现。目前，sMTC散发类型的分子发生机制尚未得到深入研究，之前有研究证实RET基因突变与MTC紧密相关。
二
材料与方法
样本情况：共招募9例甲状腺髓样癌患者。其中，18名患者进行肿瘤样本-正常样本对照的全外显子组测序；全部9名患者的肿瘤样本进行转录组测序。WES测序：使用艾吉泰康的AIExomeV1CNV版全外显子组捕获试剂盒，PE测序。肿瘤样本平均测序深度~10×，对照样本平均测序深度~×。基于WES测序数据，进行somatic、germline突变鉴定，CNA分析及突变富集通路分析。RNA-Seq测序：去核糖体法构建RNA-Seq文库，PE测序。基于RNA-Seq测序数据，进行差异表达基因、差异表达基因富集通路分析。Knockdown实验：使用两种MTC细胞系，TT和MZ-CRC-1。利用siRNA转染技术进行MTC细胞FAT1、FAT4基因表达敲低。CountingKit-8（CCK-8）试剂盒检测细胞增殖速度，RT-qPCR技术用于评估敲低效率。
三
研究结果
1、基于WES测序的突变分析
WES数据分析共发现48个somatic突变。RET基因的somatic突变是唯一在多个样本中检测到的基因突变；有3名患者未检测到somatic突变。另外，所有18名患者中都没有检测到RAS基因突变。这18名患者中共检测到03个germline突变，这些突变符合ACMG指导对“variantsofuncertainsignificance(VUS)”、“pathogenic”和“likelypathogenic”的定义。另外，鉴定到个抑癌基因FAT1（n=4）和FAT4（n=3）存在突变，是胚系突变中最常见的两个突变基因。这两个基因都属于非典型钙黏蛋白超家族，且ACMG分类均属于VUS。
图1sMTC突变分析
、拷贝数变异分析（CNAanalysis）拷贝数变异的检测是以染色体臂为单位的。频率最高的染色体缺失发生在染色体4q（n=4）和1p（n=4）。值得注意的是，germline突变频率最高的两个基因FAT1和FAT4，就位于4q染色体上。体细胞染色体缺失也同时影响这两个基因。综合分析WES突变和CNA数据，发现点突变和染色体缺失主要集中在RTK/RAS通路和Hippo通路。
图CNA结果统计
3、CCK-8芯片实验CCK-8结果表明，敲低FAT1和FAT4基因均可以显著促进TT和MZ-CRC-1细胞系的细胞增殖。表明，FAT1和FAT4基因发挥与抑癌基因相似的作用。
图3CCK-8测定细胞增殖曲线
4、基于RNA-Seq数据进行分子分型分析
通过对9个sMTC肿瘤样本进行RNA-Seq测序和聚类分析，结果显示，患者分为两种分子亚型：间充质样亚型，特征是上皮-间质转化（EMT）；增生样亚型与细胞周期途径有关。大部分复发事件（80％）发生在增生样亚型病例中。
图4基于RNA-Seq数据进行分子分型分析
四
结论
本研究使用全外显子组测序和转录组测序等检测技术，以了解散发性甲状腺髓样癌的基因组和转录组特征。结果表明，FAT1/FAT4基因突变可能与这种罕见的神经内分泌肿瘤紧密相关。而基于转录组数据发现的不同的分子亚型有助于预测预后情况并指导和改善相应治疗策略。本论文为进一步揭示sMTC的肿瘤发生机制，寻求更精确的治疗方法提供了重要理论依据。
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