甲状腺球蛋白抗体（TGAb）和甲状腺过氧化物酶抗体(TPOAb)这两类抗体的测定有助于甲状腺疾病的病因分类及判断预后。这两类抗体的升高最常见慢性淋巴细胞性甲状腺炎（又称桥本病），也见于其他甲状腺疾病（Graves病、甲状腺癌等）。这两类抗体升高的甲亢患者将来有可能发展为甲减。
甲状腺球蛋白抗体（TGAb）的测定有助于诊断自身免疫疾病。在自身免疫性甲状腺炎患者中浓度升高，出现频率大约是70%—80%。Graves病的阳些率约为60%。甲亢患者甲状腺球蛋白抗体浓度较高时，提示抗甲状腺药物治疗效果不佳，且停药后易复发。
抗甲状腺过氧化物酶抗体(TPOAb)的测定有助于诊断自身免疫疾病。90%以上的慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病）患者TPOAb浓度较高，70%的Graves病患者其TPOAb浓度升高。